敦煌研究院的前身是1944年成立的國立敦煌藝術研究所，1950年改組為敦煌文物研究所，1984年擴建為敦煌研究院。敦煌研究院是敦煌學研究的科研單位。

也是保護敦煌石窟（莫高窟、榆林窟、西千佛洞）和麥積山石窟、炳靈寺石窟、北石窟寺等其它文物機構的文博單位；是愛國主義教育基地，也是旅游接待單位。

常書鴻促成了國立敦煌藝術研究所的成立，他視莫高窟為“家”，被譽為“敦煌守護神”，這5個字就鐫刻在常書鴻先生的墓碑上。

2017年5月，在慶祝“國際博物館日”之際，國家一級博物館授牌儀式近日在北京舉行，敦煌研究院成功晉級，成為國家文物局第三批新增的34家國家一級博物館的其中之一。2019年8月31日，由敦煌研究院等單位聯合攝制，趙聲良擔任學術主持的大型紀錄片《莫高窟與吳哥窟的對話》在敦煌國際會展中心首映。該紀錄片的首映是第四屆絲綢之路(敦煌)國際文化博覽會與第九屆敦煌行·絲綢之路國際旅行節(jié)閉幕式的重要活動之一。

敦煌研究院是我國國內具有廣泛影響力的文物保護、管理和研究機構，管理著敦煌莫高窟、西千佛洞、瓜州榆林窟、天水麥積山石窟、永靖炳靈寺石窟、慶陽北石窟寺這6處橫貫東西、相距千里的甘肅精華石窟。近年來，敦煌研究院通過石窟和敦煌文獻數字、展覽、公益講座等“接地氣”的組合式傳播方式，使千年瑰寶真正“活”起來、“動”起來，有力推動了讓敦煌文化大眾化、普及化、--化，目前已成為我國世界文化遺產地保護研究利用的成功典范，得到國際上的廣泛認可和普遍贊譽。