廈門海洋珍稀物種自然保護區(qū)位于福建省廈門市海域，總面積33088公頃。保護區(qū)由原有的廈門中華白海豚省級保護區(qū)、廈門大嶼白鷺省級保護區(qū)和廈門文昌魚市級保護區(qū)合并而成。

保護區(qū)保護12種珍稀物種及其生境，分別是國家一級保護動物中華白海豚，國家二級保護動物文昌魚、黃嘴白鷺和巖鷺，以及（小）白鷺、大白鷺、中白鷺、夜鷺、池鷺、中背鷺、蒼鷺和小杓鷸等8種鳥。其中有6種是國際雙邊候鳥協(xié)定的物種；白鷺是廈門市鳥，也是原來的省級保護動物。

保護區(qū)是國家一級重點保護野生動物中華白海豚的兩個主要分布區(qū)之一（另一個主要分布為珠江口海域），現(xiàn)有種群數(shù)量約40頭左右，但種群結構尚能保證其繁衍后代，具有極為重要的保護價值和研究價值。保護區(qū)還是國家二級重點保護生動物文昌魚的主要產地之一，文昌魚是無脊椎動物和脊椎動物間的代表類群，在動物進化研究和動物學教學方面具有重要的意義。此外，區(qū)內大嶼島，雞嶼等島嶼上還分布有黃嘴白鷺、巖鷺、白鷺等10種濱海鳥類，種群數(shù)量近3萬只，并為黃嘴白鷺的模式種產地。